Pozbawieni środków do życia musieli szukać nowego domu, wkrótce jednak zaaklimatyzowali się i istotnie wpłynęli na udoskonalenie poziomu technicznego i intelektualnego ośrodka poznańskiego.
Koniec działalności poznańskiego ośrodka Po kasacie Towarzystwa Jezusowego kolegium funkcjonowało jako szkoła średnia pod nadzorem Komisji Edukacji Narodowej. Rogaliński, który stał się jej prorektorem, ubiegał się o podniesienie placówki do rangi uniwersytetu. Ostatecznie w 1780 r., pomimo wsparcia Kaspra Rogalińskiego, brata Józefa, członka Rady Nieustającej, zabiegi okazały się nieskuteczne wobec konkurencyjnych starań braci Śniadeckich i Hugona Kołłątaja, rektora Szkoły Głównej Koronnej w Krakowie, która to została podniesiona do rangi uniwersytetu zamiast poznańskiej instytucji.
O działalności obserwatorium niewiele wiadomo. Rogaliński już w 1772 r. nie był dyrektorem. Jego następca, J. Gawroński, do roku 1777 przebywał na dworze Józefa Ossolińskiego, co oznacza, że obserwatorium faktycznie pozbawione było kierownictwa. W roku 1777 Gawroński przeniósł się do Warszawy, uzyskując tam protekcję króla Stanisława Augusta. Do Warszawy zabrał ze sobą część instrumentów badawczych z obserwatorium i gabinetu fizycznego.