Po wybuchu II wojny światowej został mianowany dowódcą III batalionu 26 pułku piechoty należącego do 5 Dywizji Piechoty „Dzieci Lwowskich”. Brał udział w obronie Warszawy. Był dowódcą samodzielnego ośrodka oporu w osiedlu łączności Boernerowo, które broniło się do 27 września 1939 roku. Dowództwo Obrony Warszawy sądziło, że mjr Jacek Decowski, jak wielu jego żołnierzy, zginął podczas obrony. 29 września 1939 dowódca Armii „Warszawa”, gen. dyw. Juliusz Rómmel nadał mu Order Virtuti Militari. Major jednak przeżył, był ranny, dostał się do niewoli niemieckiej.

Zmarł na zawał serca 5 lipca 1941 roku w Oflagu VII A Murnau. Jest pochowany w polskiej kwaterze wojennej na cmentarzu parafialnym w Murnau.

9 września 1924 w Chełmnie zawarł związek małżeński z Wandą Zawitowską, z którą miał syna Wiktora.

Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militari nr 11824 – 29 września 1939 Medal Niepodległości – 2 sierpnia 1931 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Srebrny Krzyż Zasługi – 10 listopada 1928M.P. z 1928 r. nr 260, poz.