Na terenie Słowacji został pojmany przez słowacką policję emisariusz Jan Karski, który trafił po przesłuchaniach przez Gestapo do szpitala w Nowym Sączu, gdzie był pilnie strzeżony. Franciszek Żak zatwierdził plan akcji i wydał polecenie swoim podwładnym wykradzenia emisariusza ze szpitala. 28 lipca 1940 przeprowadzono akcję, Karski został uwolnionyZbigniew Ryś, Wspomnienia Kuriera, Biblioteka „Rocznika Sądeckiego” Akcja „S” s. 16–22.. Żak zmienia z czasem swoje pseudonimy konspiracyjne na: „Siwosz”, „Raźny”, „Franek” dla utrudnienia identyfikacji na wypadek dekonspiracji. W marcu 1941 podczas aresztowań konspiratorów przez Gestapo na terenie Nowego Sącza, ukrywa się na terenie Obwodu AK Limanowa. Decyzją dowództwa okręgu zostaje skierowany w maju 1941 do Inspektoratu ZWZ/AK Zamość, gdzie obejmuje funkcję inspektora z fałszywymi dokumentami na nazwisko „Włodzimierz Hanusza” pod pseudonimami: „Inżynier”, „Siwy” i „Zuzia”.