W okresie okupacji część kompleksu nadal pełniła funkcję medyczną. Po rozpoczęciu wojny niemiecko-sowieckiej w 1941 i zajęciu przez władze niemieckie szpitala przy ul. Solec na potrzeby własnego zaplecza wojskowego polską placówkę przeniesiono na Czerniakowską 231. Szpital ulokowano w niewykończonym jeszcze bloku C, którego pomieszczenia pospiesznie adaptowano do funkcji chirurgicznych, ortopedycznych, ginekologiczno-położniczych i internistycznych.
Podczas powstania warszawskiego budynek służył nie tylko jako szpital powstańczy, ale również jako ważna pozycja powstańcza na drodze wzdłuż ul. Książęcej ze Śródmieścia na Powiśle. W pierwszych dniach sierpnia w szpitalu znajdowało się około 500 chorych i rannych. We wrześniu 1944 r. kompleks był wielokrotnie bombardowany. 13 września bomby trafiły m.in. w pomieszczenia operacyjne; podczas kolejnego ciężkiego bombardowania 15 września zginęło ponad 60 rannych, chorych i członków personelu. Po upadku powstania szpital, na żądanie władz niemieckich, ewakuowano do klasztoru Wizytek przy Krakowskim Przedmieściu, następnie do Szpitala Wolskiego i Komorowa. W październiku 1944 r. Szpital ZUS został rozwiązany.