Celibat Przez Hansa Künga papież był krytykowany za konserwatywne stanowisko wobec celibatu. Zdaniem teologa postawa Jana Pawła II przyczyniła się do wielu problemów w stanie duchownym. Wielu księży odeszło ze stanu duchownego, aby założyć rodziny i w efekcie w niektórych krajach brakuje kapłanów. W Niemczech 1400 księży pochodziło z Polski, Indii i Afryki. W roku 1990 wyświęcono tam 366 duchownych, a w 2003 tylko 161.
Stosunek do przestępstw seksualnych w Kościele
Pierwsze informacje o przypadkach molestowania dzieci przez duchownych, które przebiły się do mediów stały się głośne dopiero w roku 1992 w Irlandii. W proteście przeciwko próbom ukrywania skandalu piosenkarka Sinéad O’Connor podarła zdjęcie Jana Pawła II podczas programu telewizyjnego, do którego została zaproszona.