Homoseksualność Działacze LGBT zarzucają Janowi Pawłowi II homofobię. Twierdzą oni, że przejawiało się to w wyjątkowym zainteresowaniu (w negatywnym znaczeniu), jakie spotkało osoby homoseksualne za jego pontyfikatu, począwszy od upomnienia biskupów amerykańskich w roku 1979, krytykę wyświęceń biskupów ujawniających swoją orientację homoseksualną, a skończywszy na wydanej już po śmierci papieża, ale przygotowywanej jeszcze pod jego zwierzchnictwem, instrukcji ograniczającej przyjmowanie osób homoseksualnych do stanu kapłańskiego.

Za porażkę papieża niektóre środowiska uważają również nieodnoszenie się do dramatycznych przypadków łamania praw człowieka wobec osób homoseksualnych; wspominają samospalenie na placu św. Piotra w 1998 roku Alfreda Ormando, protestującego przeciwko obojętności Kościoła na problemy osób nieheteroseksualnych. Kościół w żaden sposób nie odniósł się do tego wydarzenia.