Nie znalazło też zrozumienia „ręczne sterowanie” zakonami jezuitów, franciszkanów oraz karmelitanek bosych, którym Jan Paweł II, omijając wewnętrzne procedury, narzucił przewodników. Jeden z najpoważniejszych oponentów papieża wewnątrz Kościoła, Hans Küng (papież zabronił mu wykładania w imieniu Kościoła z powodu krytyki dogmatu o nieomylności papieża), stwierdził, że:
Jan Paweł II krytykowany był również za styl pracy przez kardynałów Martiniego i Danneelsa, którzy na synodzie Biskupów w 2000 roku wskazywali, że trzeba zmienić sposób działania Kurii Rzymskiej i zastanowić się nad kadencyjnością papiestwa.
Podczas pontyfikatu Jana Pawła II wyciszona została afera dotycząca Banco Ambrosiano oraz będącego jego większościowym akcjonariuszem Instytutu Dzieł Religijnych, którą próbował wyjaśnić jego poprzednik Jan Paweł I, a główni jej uczestnicy uniknęli kary (m.in. abp Paul Marcinkus) bądź zginęli w tajemniczych okolicznościach.
Antykomunizm Jan Paweł II był przeciwnikiem komunizmu. Vincente Navarro twierdzi, że stosunek papieża do tej ideologii był powodem popierania prawicowych dyktatorów i krytyki teologów wyzwolenia.