Antykoncepcja a AIDS i regulacja urodzin Krytycy papieża obarczają go winą za przyczynienie się do eksplozji epidemii AIDS w Afryce, a niektórzy krytykujący obwiniają Jan Pawła II bezpośrednio za śmierć milionów mieszkańców Afryki w wyniku AIDS. Zakaz używania prezerwatyw miał również spowodować nadmierną dzietność, a w efekcie pauperyzację Trzeciego Świata. Sprzeciw Watykanu wobec antykoncepcji stał się szczególnie widoczny podczas głosowań nad rezolucjami posiedzenia konferencji ONZ na temat populacji i rozwoju w Kairze w 1994 roku. Stanowisko wysłannika Jana Pawła II nie pozostawiało pola dla dyskusji.
Biograf papieża Bernard Lecomte odrzuca te zarzuty, wskazując, że Jan Paweł II był zwolennikiem teorii „mniejszego zła”, którą głosił Kościół francuski, brazylijski i Wybrzeża Kości Słoniowej. Głosiła ona, że jeżeli osoba zakażona HIV nie jest w stanie żyć w czystości, to ma obowiązek użyć prezerwatywy, aby nie nieść śmierci. Zwierzchnik Papieskiej Rady do spraw Rodzin prałat Suaudeau na łamach L’Osservatore Romano opublikował artykuł popierający teorię mniejszego zła, a ojciec Georges Cottier, komentując stanowisko episkopatu francuskiego w tej sprawie w dzienniku „Le Monde” powiedział: