W 1999 szeregi ugrupowania zasilił Petr Pithart, rok później wybrany na przewodniczącego Senatu.
Po wyborach w 2002 KDU-ČSL ponownie weszła do koalicji, tym razem z ČSSD i liberałami z US-DEU, współtworząc rządy premierów Vladimíra Špidli (2002–2004), Stanislava Grossa (2004–2005) i Jiříego Paroubka (2005–2006). W wyborach parlamentarnych w 2006 partia zajęła czwarte miejsce z poparciem 7,2%, co dało jej 13 z 200 mandatów w Izbie Poselskiej. W latach 2007–2009 była częścią centroprawicowej koalicji tworzącej drugi rząd Mirka Topolánka. W 2009 część jej członków (w tym były przewodniczący Miroslav Kalousek) odeszło z partii i znalazło się wśród założycieli nowego ugrupowania TOP 09.
W wyborach w 2010 partia nie przekroczyła wynoszącego 5% progu wyborczego, tracąc reprezentancję w niższej izbie czeskiego parlamentu. Konsekwencją wyborczej porażki była natychmiastowa dymisja Cyrila Svobody. Po kilku miesiącach nowym przewodniczącym partii został lokalny samorządowiec Pavel Bělobrádek. Pod jego przywództwem w wyborach w 2013 chadecy powrócili do parlamentu, a następnie dołączyli do trójpartyjnego rządu Bohuslava Sobotki, współtworzonego także przez socjaldemokratów i centrystów z ANO 2011.