Przeciągające się interwencje hiszpańskie zmusiły ojca Lucasa de la Cueva do interwencji u samego wicekróla Peru, który finalnie zabronił dalszych ekspedycji zbrojnych, pozbawił też urzędu Rivera Herrera, na jego miejsce wyznaczając Mauricio Vaca de Evan. Po objęciu urzędu nowo wybrany gubernator zezwolił Indianom na powrót do wiosek. Nie wszystkie udało się jednak uratować – część encomenderos, czyli zarządców gospodarstw na ziemiach podbitych przez Hiszpanię, musiało opuścić tereny, którymi zarządzali, gdyż brakowało im siły roboczej tych Indian, którzy nie powrócili.
Nastąpił okres względnego spokoju, który jezuici poświęcili na przecieranie nowych szlaków komunikacyjnych m.in. pomiędzy Borja i Quito, nawiązywali też kontakty z nowymi plemionami. Po dziesięciu latach, w roku 1663, doszło do buntu Indian Cocamas, którzy zaczęli napadać na wioski i zabijać zarówno hiszpańskich, jak i indiańskich mieszkańców. W konsekwencji z terytoriów ich rebelii przegnani zostali również misjonarze. Do tego buntu miał przyczynić się jeden z młodych misjonarzy, który nadmiernie ganił Indian za niedokładne chrześcijańskie praktyki, co wywołało w nich najpierw niechęć, a później wrogość.