wobec dużych strat wprowadzono korzystanie z nich wyłącznie na miejscu. Biblioteka była otwarta dwa dni w tygodniu.
Biblioteką kierowali: Jan Daniel Janocki (w latach 1744–1786), a po jego śmierci jezuita Jerzy Koźmiński. W ostatnich latach Bibliotekę uporządkował i zreorganizował pijar Onufry Kopczyński (ok. 1783–1794), pełniący funkcje pomocnika bibliotekarza.
Podstawy prawne Obaj bracia mieli różne projekty zabezpieczenia Książnicy. A.S. Załuski planował utworzenie specjalnej fundacji. Plany te zapisał w testamencie (1758). Po śmierci A.S. Załuskiego, 16 grudnia 1758 J.A. Załuski doprowadził do obalenia testamentu brata. W 1761 sporządził własny akt fundacyjny, w którym przekazywał Bibliotekę wraz ze związanymi z nią majątkami i funduszami jezuitom z zachowaniem do śmierci prawa własności i prawa do użytkowania całości zapisanych dóbr. Po śmierci J.A. Załuskiego 9 stycznia 1774 Bibliotekę przejęła Komisja Edukacji Narodowej. Jej pierwszym kustoszem został członek Komisji – Ignacy Potocki.