Współcześnie rola Daniela Papebrocha jest różnie interpretowana przez badaczy. Jedni uważają go za jednego z założycieli dyplomatyki, inni zarzucają mu braki w metodologii badań oraz hiperkrytycyzm. Albowiem jezuita uznał niemal wszystkie dokumenty merowińskie, które przebadał za falsyfikaty. Jednakże na 29 dokumentów merowińskich, których autentyczność podważył obecnie jedynie dwa uchodzą za autentyki. Poprawnie również rozpoznał 20 innych falsyfikatów pochodzących z kancelarii karolińskiej i anglosaskiej.
Spór z karmelitami W trakcie dalszych prac nad żywotem św. Alberta, patriarchy Jerozolimy oraz założyciela zakonu Karmelitów, Daniel Papebroch podważył tradycję łączącą powstanie zakonu z prorokiem Eliaszem. Dyskusja rozgorzała między jezuitą a karmelitami, których reprezentował Hiszpan, Sebastian od świętego PawłaSebastian de Saint-Paul., doprowadziła w 1695 do umieszczenia niektórych tomów Acta Sanctorum na listę ksiąg zakazanych przez hiszpańską inkwizycję, która uznała, że zawierają one treści heretyckie. Spór zakończył papież Innocenty XII nakazując obu stronom milczenie. W latach 1697–1702 Daniel ciężko chorował. Na obojgu oczach rozwinęło się bielmo sprawiając, że był w pełni niewidomy. Pewny rychłej śmierci starał się u Papieża o umorzenie zarzutów o herezję.