W LSI Petr Jakeš brał udział w analizach próbek, zwłaszcza tych, które były pobrane w ramach wypraw Apollo 14 i 15.
Po powrocie do Czechosłowacji w 1972 r. został z powodów politycznych zwolniony z Czechosłowackiej Akademii Nauk (Československá akademie věd, ČSAV). Został zatrudniony w Centralnym Instytucie Geologii w Pradze (Ústřední ústav geologický), najpierw jako geolog maper, później jako pracownik naukowy, następnie jako zastępca dyrektora ds. badania geologicznych. Od początku lat 90. zaczął uczyć na Wydziale Przyrodniczym UK w Pradze. Często też wracał do LPI do Houstonu, gdzie był członkiem rady naukowej. Do 2001 r. był członkiem rady naukowej międzynarodowego programu IGCP (International Geological Correlation Programme) i przewodniczącym jego 3. grupy roboczej ds. złóż minerałów, petrologii, wulkanologii i geochemii. Był również jednym z sześciu światowych naukowców, którzy zaproponowali zorganizowanie Międzynarodowego roku planety Ziemia (IYPE – International Year of the Planet Earth), który by miał być w roku 2008.
W ostatnim czasie pracował jako pracownik naukowy w Instytucie geochemii, mineralogii i źródeł mineralnych Wydziału Przyrodniczego UK (Ústav geochemie, mineralogie a nerostných zdrojů PřF UK).