W czasach, gdy Zänker był śląskim superintendentem, a później biskupem, w niemieckiej społeczności protestantów zarysował się silny konflikt na tle stosunku do ideologii partii nazistowskiej, a po objęciu władzy przez NSDAP, także stosunku do nowego prawodawstwa, a zwłaszcza kolejnych ustaw antyżydowskich. Duża część pastorów i wiernych aktywnie wspierała ideologię i władzę nazistowską, część z nich utworzyła ruch Niemieckich Chrześcijan, który postulował wykluczenie Żydów i osób mających żydowskich przodków z protestanckich Kościołów. Ponadto część Niemieckich Chrześcijan chciała reformy teologicznej, mającej usunąć z chrześcijaństwa elementy postrzegane przez nich jako związki z religią i kulturą żydowską, w szczególności żądali rezygnacji ze Starego Testamentu i ocenzurowania Nowego Testamentu. Protestanci będący w opozycji do tych poglądów założyli w 1934 r. ruch o nazwie Kościół WyznającyJońca 1979.. Obie frakcje aktywnie zwalczały się i próbowały zdobyć wpływ na władze kościelneJońca 1979, s. 131–163.. Na Śląsku Niemieccy Chrześcijanie objęli większość 2/3 miejsc w synodzieJońca 1979, s. 135, 146..