Otto Zänker po objęciu władzy przez nazistów w Niemczech początkowo zachowywał neutralną postawę wobec kościelnego sporuJońca 1979, s. 147., jednak po kilku miesiącach zaczął coraz bardziej krytykować poglądy Niemieckich Chrześcijan, a w 1934 r. kilkukrotnie publicznie sprzeciwił się polityce Ludwiga Müllera, który został ustawiony przez władze państwowe „biskupem Rzeszy” i miał kierować Kościołami protestanckim w NiemczechJońca 1979, s. 135, 145–147.. Choć Zänker nie przystąpił do Kościoła Wyznającego, to z racji zbliżonych do tej frakcji poglądów i faktu, że był przez nią popierany, stał się obiektem krytyki Niemieckich Chrześcijan i wysokich urzędników III RzeszyJońca 1979, s. 146–147., tym bardziej że biskup nie tylko indywidualnie pomagał żydowskim protestantom swojej prowincjiJońca 1979, s. 140, 141., ale i występował w 1939 do konsystorza prowincji o taką pomocJońca 1979, s. 155.. W efekcie, Zänker został w połowie grudnia 1936 r. objęty aresztem domowym przez Gestapo i na początku następnego roku musiał podpisać zobowiązanie do wypełniania poleceń ministerstwa do spraw wyznańJońca 1979, s. 152.. W roku 1939 władze kościelne (Evangelischen Oberkirchenrates) przymusowo urlopowały Zänkera ze stanowiska biskupa, a w 1941 otrzymał dymisję.