W latach 1581–1582 ukończono budowę budynku szpitalnego w kształcie długiego, kalenicowego, piętrowego gmachu, o konstrukcji szachulcowej, mieszczącego kaplicę na środkowej kondygnacji. Około roku 1620 powierzchnię kompleksu powiększono od północy. Dalszy rozwój Szpitala św. Gertrudy miał miejsce po wybudowaniu w 1626 r. Bramy Nizinnej. Wykorzystano leżące naprzeciwko budynku tereny na lewym brzegu Kanału Raduni. W latach 1769–1770 wyburzono szachulcowe zabudowania, zastępując je murowanymi.
W roku 1741 powołana została fundacja Carla i Susanne Groddecków zajmująca się między innymi opieką nad pensjonariuszami szpitala św. Gertrudy.
W XIX wieku Szpital św. Gertrudy nie przeszedł procesu medykalizacji. Instytucja pełniła funkcję przytułku. Przyjmowano osoby powyżej 50. roku życia wyznania chrześcijańskiego, mogące wkupić się według taryfy zależnej od wieku. Bezpłatne utrzymanie bywało przyznawane w sytuacjach wyjątkowych zasłużonym dla szpitala lub związanego z nim kościoła Zbawiciela. Do roku 1945 kompleks obejmował dwa budynki powstałe w latach 1769–1770, oraz trzy wzniesione po roku 1850. Ostatnią nieruchomość oddano do użytku w sierpniu 1883 roku.