ugodą zawartą 14 kwietnia 1570 w Sandomierzu, która zjednywała trzy pod­stawowe obozy Kościołów reformowanych na wspólnej plat­formie, dała podstawę do tzw. Konfederacji Warszawskiej, uchwały podjętej 28 stycznia 1573 w Warszawie na sejmie konwokacyjnym. Gwarantowała ona bezwarunkowy i wieczny pokój między wszystkimi różniącymi się w wierze, zapewniała innowiercom równouprawnienie z katolikami rzymskimi i opiekę państwa. Głosiła zasady wolności sumienia i toleran­cji. Pierwszą historyczną wzmiankę na temat instytucji kape­lanów, wspominającą o duszpasterstwie wojskowym można odnaleźć w ustawie sejmu piotrkowskiego z ok. 1602 r. O prawosławnych kapelanach donoszą źródła pisane o tzw. „rejestrowych Kozakach” podległych Rzeczypospolitej. Od czasów Stefana Batorego walczyli oni niemal we wszyst­kich wojnach prowadzonych przez Rzeczpospolitą.

W bitwie pod Wiedniem 12 września 1683 uczestniczyło około 5 tysięcy Kozaków, a w obronie oblężonej stolicy Austrii poniósł wielkie zasługi Jerzy Franciszek Kulczycki, prawosławny szlachcic spod Sambora. Do walki zagrzewał ich, będący przy królu, Józef Szumlański, prawosławny biskup lwowski. Historia duszpasterstwa w szeregach wojska ma długą tradycję.