Jako jeden z nielicznych warszawskich dworców uniknął w 1915 większych zniszczeń ze strony wycofujących się wojsk rosyjskich.

Podczas przebudowy Warszawskiego Węzła Kolejowego rozpoczętej w 1919 stacja została przebudowana na czołowo-przelotową i od 1933 stała się elementem warszawskiej linii średnicowej. Perony zostały przesunięte w obecne miejsce – na nasypie. Nasyp przykrył też dotychczasowy teren peronów i torów. Budynek dworcowy znalazł się poza strefą stacyjną. Obok pozostawiono tylko jeden tor prowadzący m.in. do Portu Praskiego. Funkcje dworcowe przejęły obiekty prowizoryczne po obu stronach nasypu. Na dawnym budynku ustawiono tablice wskazujące kierunek do nowego położenia kas i peronów.

Podczas obrony Warszawy w pierwszych dniach wrześniu 1939 stacja była wielokrotnie bombardowana, w wyniku czego wielu ewakuujących się mieszkańców miasta zostało rannych. Pomoc niosły im warszawskie harcerki i uczennice, z których ok. 20 zginęło podczas nalotu Luftwaffe 5 września. Upamiętnia je kamień ustawiony w 1968 naprzeciwko jednego z wejść do dworca od strony ul. Kijowskiej.