Gorące i suche warunki narażają jeziora na wysokie tempo parowania, powodując utratę wody, która przekracza dopływ słodkiej wody. Wysokie tempo parowania i stały dopływ soli z podłoża powodują, że woda jest bardzo zasolona i alkaliczna (pH od 9 do 10). Woda w jeziorze Natron jest tak bogata w rozpuszczony węglan sodu, że często jest lepka w dotyku. Warunki te nie są stałe, ponieważ ulewne, lekko kwaśne deszcze chwilowo zalewają jeziora zimną wodą i obniżają pH wody. Długotrwałe wysychanie spowodowało, że te dawniej (ok. 5 do 6 tysięcy lat temu) duże jeziora słodkowodne skurczyły się do obecnych rozmiarów. W długim terminie, o ile zaopatrzenie w wodę nie przekroczy parowania, będą się kurczyć, aż staną się nieckami i ostatecznie słonymi formacjami trawiastymi. Na południowych brzegach jeziora Natron są jedne z najlepiej zachowanych, skamieniałych śladów hominidów na świecie.