Po studiach podjął pracę urzędniczą w Kurii Rzymskiej, jako tak zwany „scriptor apostolicus” w roku 1541. Dzięki doświadczeniu, jakie nabył na tym stanowisku, uczestniczył później w reformie Datarii Apostolskiej za pontyfikatu Piusa V. Nabycie praktyki kancelaryjnej i poznanie środowiska Kurii Rzymskiej wykorzystał później jako sekretarz Towarzystwa Jezusowego. Do Towarzystwa Jezusowego wstąpił w roku 1541 po odbyciu rekolekcyjnych ćwiczeń duchowych prowadzonych przez Diego Layneza. Decyzja o porzuceniu prestiżowej funkcji notariusza w Kurii i dołączeniu do nowo powstałego Towarzystwa Jezusowego w wieku 24 lat nie spodobała się jego rodzicom, którzy byli kupcami i inaczej widzieli jego przyszłość. Po wstąpieniu do Towarzystwa Jezusowego podjął studia teologiczne na Uniwersytecie w Padwie, gdzie uczył się cztery lata. Podczas studiów w Padwie zaprzyjaźnił się z Piotrem de Rivandeneirem, który był hiszpańskim jezuitą, historykiem i biografem.