Podręcznik cieszył się dużą popularnością aż do końca XVI wieku, kiedy zaczęto korzystać z podręcznika innego jezuity, Franciszka Toledo „Instructio sacerdotum ac poenitentium”. Juan Alfonso de Polanco był zwolennikiem częstego przystępowania do spowiedzi i przyjmowania Komunii Świętej. Juanowi de Polanco również zdarzyło się pełnić funkcję sędziego w rozstrzyganiu wewnętrznych sporów w Towarzystwie Jezusowym. Sekretarz odgrywał rolę sędziego podczas procesu Simão Rodriguesa. Portugalski jezuita był bowiem winny promowaniu kontrowersyjnych praktyk jak pokuta poprzez samobiczowanie się na ulicy. Jezuici byli też powołani przez papieża jako jego wysłannicy i negocjatorzy. Juan Alfonso de Polanco podróżował razem w tym celu ze swoim generałem Diego Laynezem. Razem z Laynezem z polecenie papieża Piusa V pośredniczyli w rozmowach między Księstwem Toskanii a Państwem Kościelnym na dworze Kosmy I z rodu Medyceuszy. Nadal, Polanco i Laynez razem udali się na kolokwium w Poissy w 1561 i na ostatnie posiedzenie soboru trydenckiego w latach 1562–1563. Polanco towarzyszył też Franciszkowi Borgiaszowi w jego podróży z Włoch do Francji. Podczas drogi powrotnej oboje zachorowali, jednak lekarze z Maceraty uznali, że stan Franciszka jest dobry i pozwolili Borgiaszowi na kontynuowanie drogi, po czym ten zmarł dwa dni później.