Juan Alfonso był też archiwistą i twórcą Archivum Romanum Societas Iesu. Przyjaciel Juana, Piotr de Rivandeneira powiedział, że: „Wydawało się, że Polanco dźwiga na swoich barkach całe Towarzystwo [Jezusowe]”. Według amerykańskiego profesora, historyka i jezuity, Johna Williama O’Malleya, Juan Alfonso de Polanco i Hieronim Nadal odegrali znaczną rolę w Towarzystwie Jezusowym i nadali mu kształt.
Ostatnie lata życia i śmierć mały|Preambuła konstytucji Towarzystwa Jezusowego Po śmierci Franciszka Borgiasza Polanco miał dużą szansę na zostanie czwartym generałem Towarzystwa Jezusowego. Papież Grzegorz XIII miał jednak inny plan i ingerując w sprawy wewnętrzne Towarzystwa Jezusowego, wymusił, aby kolejnym generałem nie był Hiszpan. Pomijając te czynniki zewnętrzne, wybór Polanco na generała wydawał się oczywisty, ponieważ Hiszpanie dominowali liczebnie w Kongregacji Generalnej. W Kongregacji Generalnej Hiszpanie, Portugalczycy i Włosi rywalizowali między sobą. Portugalczycy sabotowali wybór Polanco na generała, a Leão Henriques, który był odpowiedzialny za donoszenie listów króla Hiszpanii do Rzymu, przyznał się, że lobbował tam za wprowadzeniem legislacji, która uniemożliwiałaby jezuitom o pochodzeniu żydowskim piastowanie urzędu generała. Żydowskie pochodzenie Polanco zostało wykorzystane jako argument przeciw jego elekcji.