Pomimo początkowego bardzo szybkiego postępu prac pierwszy lot XB-43 odbył się ponad dwa lata po podpisaniu kontraktu na jego dostawę. Wiązało się to częściowo ze spowolnieniem tempa prac nad nowymi samolotami w związku z zakończeniem II wojny światowej, a także z powodu problemów z nową technologią jaką były wówczas silniki odrzutowe – na dostawę pierwszych silników czekano kilka miesięcy. Kiedy w końcu zostały one zamontowane do pierwszego prototypu, to w październiku 1945 w czasie prób silników na ziemi w Clover Field doszło do poważnej awarii jednego z nich. W czasie testów urwało się kilka łopatek pierwszego stopnia sprężarki prawego silnika, powodując natychmiastowe urwanie wszystkich łopatek w pozostałych stopniach. Odłamki metalu uszkodziły poszycie samolotu i raniły jednego z obserwatorów na lotnisku. Naprawa samolotu trwała kilka miesięcy po czym został on przewieziony do bazy USAF Muroc Army Air Base na pustyni Mojave, gdzie odbył pierwszy lot 17 maja 1946. Za sterami samolotu zasiadł Bob Brush, który był także oblatywaczem wcześniejszego XB-42R. Francillon, McDonnell Douglas..., s. 408.