Kolekcja Kolekcja Beyelera, która zawiera około 250 dzieł klasycznej sztuki nowoczesnej i współczesnej, dokumentuje osobiste spojrzenie małżonków Hildy i Ernsta Beyelerów na sztukę XX wieku. Między innymi prace Edgara Degasa, Paula Cézanne’a, Claude’a Moneta, Henri Rousseau, Vincenta van Gogha, Wassilego Kandinsky’ego, Henriego Matisse’a, Fernanda Légera, Alberto Giacomettiego, Pabla Picassa, Joana Miró, Alexandra Caldera, Paula Klee, Maxa Ernsta, Pieta Mondriana, Andy Warhol, Roy Lichtenstein czy Francis Bacon. Obrazy Rothko to unikalna poza Stanami Zjednoczonymi prezentacja twórczości artysty. Dzieła sztuki klasycznego modernizmu zestawione są z około 25 obiektami sztuki wytworzonej przez członków plemion z Afryki, Oceanii i Alaski.
W otaczającym muzeum ogrodzie prezentowane są także wystawy specjalne, które są dostępne bez wstępu do muzeum. Sensację wywołało opakowanie drzew w parku przez Christo i jego żonę Jeanne-Claude w listopadzie/grudniu 1998. Od września 2011 do stycznia 2012 monumentalna rzeźba Maman Louise Bourgeois była prezentowana w Bernie, Zurychu, Genewie oraz w Fondation Beyeler z okazji 100. urodzin artystki. W 2005 fundacja była organizacją partnerską wystawy rzeźby Blickachsen 5 w Bad Homburg.