Egzekucja Mimo że Maksymilianowi doradzano, żeby uciekał z przybranej ojczyzny, on postanowił trwać tam bez względu na stale pogarszającą się sytuację. W czasie wycofywania się do Querétaro został oblężony na kilka tygodni, a 11 maja 1867 podjął próbę ucieczki poprzez linie wroga. Został jednak schwytany. Mimo protestów opinii publicznej na całym świecie (ujmowali się za nim liczni monarchowie europejscy, m.in. cesarz Franciszek Józef przywrócił mu prawa dynastyczne w Austrii, licząc, że ocali to brata przed śmiercią, protestował także Victor Hugo i Giuseppe Garibaldi) sąd wojskowy skazał go na śmierć. Razem z generałami Miguelem Miramonem i Tomasem MejíąKalendarz historyczny na dzień 19 czerwca. zginął rozstrzelany. Jego ciało zostało wysłane statkiem do rodzinnej Austrii i pochowane w Krypcie Cesarskiej Kościoła Kapucynów w Wiedniu.