Maksymilian naraził się swoim konserwatywnym sprzymierzeńcom, w tym i nuncjuszowi, wprowadzając większość postulatów, o które toczona była walka z liberałami, czyli: tolerancję religijną, upaństwowienie dóbr ziemskich należących do Kościoła rzymskokatolickiego, sekularyzację cmentarzy. Kolejno zaaprobował wszystkie ustawy i dekrety liberalne z lat 1855-1860 podtrzymując liberalne reformy, które wprowadził Juarez, a jemu samemu zaoferował amnestię, jeżeli poprzysięgnie mu wierność. Juarez odmówił. Wobec tego cesarz polecił, aby wszyscy schwytani współpracownicy Juareza byli rozstrzeliwani. Nie poprawiło to sytuacji, a jedynie wzmogło zaciekłość z jaką obie strony walczyły.
Gdy w Stanach Zjednoczonych dobiegła końca wojna secesyjna, armia republikańska zaczęła uzyskiwać stamtąd zaopatrzenie. W 1866 Napoleon III Bonaparte wycofał swoje wojska z Meksyku w obliczu wzrastającego oporu Meksykanów i groźby amerykańskiej interwencji. Charlotta odbyła podróż do Europy, szukając poparcia dla swojego męża w Paryżu i w Wiedniu oraz u papieża w Rzymie. Jednak próby te zawiodły i doprowadziły ją do choroby umysłowej, a ona sama nigdy nie wróciła do Meksyku.