Po operacji pacjentka mówiła, że czuje się szczęśliwa, sześć dni po zabiegu wystąpiły u niej przemijające zaburzenia mowy i dezorientacja, ale samodzielnie wróciła do swojego domu, co Freeman zinterpretował jako sukces operacji. Później opracował on nową metodę lobotomii przezoczodołowej. Polegała ona na znieczuleniu pacjenta za pomocą przenośnego urządzenia do elektrowstrząsów, wbiciu za pomocą młoteczka przez sklepienie oczodołu orbitoklastu (narzędzia podobnego do szpikulca do lodu) i przesunięciu go po szerokim łuku, co prowadziło do zniszczenia tkanek płata czołowego.
Jedną z największych porażek Freemana była nieudana lobotomia przeprowadzona na Rosemary Kennedy, po której stała się ona niepełnosprawna.
Mimo popraw w stanie psychicznym pacjenci poddani lobotomii cierpieli z powodu zmian w ich osobowości (w 91% następujących po lobotomii), padaczki (w 12%), a inne powikłania obejmowały krwotoki śródczaszkowe, ropnie mózgu i otępienie. Według tego samego badania u 67% poddanych zabiegowi nastąpiła poprawa ich stanu, natomiast u 26% procent występowały nawroty choroby wymagające dalszego leczenia. Śmiertelność z powodu lobotomii w latach 40.