była wysoka, badanie przeprowadzone w latach 1947–1958 wykazało średnią śmiertelność 7,4%.

Moniz był krytykowany z powodu bagatelizowania powikłań, nieprawidłowego dokumentowania zabiegów i niewystarczającej obserwacji swoich pacjentów. Zabiegowi poddawane były także dzieci i osoby niepełnosprawne intelektualnie. Lista wskazań kierujących na lobotomię była bardzo długa, czasami przeprowadzano ją bez żadnego wskazania i zgody chorego lub jego rodziny. Ostatnia pacjentka dr. Freemana, operowana w 1967 roku Helen Mortensen, zmarła 3 dni po zabiegu. Po zatwierdzeniu do stosowania w Stanach Zjednoczonych chloropromazyny w 1955 roku jego kariera zaczęła zwalniać, a reputacja zmalała. Do lat sześćdziesiątych w Stanach Zjednoczonych przeprowadzono około 60 000 lobotomii. Później ta metoda leczenia została zarzucona.

W Europie panowało przekonanie, że lobotomią można wyleczyć z homoseksualizmu.

W Polsce w latach 1947–1951 przeprowadzono 176 lobotomii przedczołowych metodą Moniza. Zabiegi te zostały później zarzucone, co dodatkowo zostało wzmocnione przez wprowadzenie w ZSRR zakazu wykonywania lobotomii.

W roku 1949 Egas otrzymał Nagrodę Nobla za badania nad leukotomią.