na czubku podbródka znajdują się rzędy małych zaokrąglonych guzków tworzących kształt litery U. Krótki ogon jest zamknięty w błonie ogonowej, z wyjątkiem czubka, który wystaje nieco blisko środka strony grzbietowej. Skrzydła są krótkie i przymocowane do podstawy palców. Podczas obserwacji w terenie czuboustki karłowate można pomylić z karłogackami (Micronycteris), ponieważ gatunki z tego rodzaju również są małe, o szarym lub brązowym kolorze futra z długimi, zaokrąglonymi uszami. Niemniej jednak cechy gatunkowe, takie jak dwa dolne siekacze w porównaniu z czterema u Micronycteris i para dużych guzków w kształcie litery V na czubku podbródka, odróżniają nietoperza czuboustka karłowatego od gatunków Micronycteris. Czaszka jest mocna, z nierozwiniętym grzebieniem strzałkowym i zwężona w okolicy zaoczodołowej. Wzór zębowy: I C P M (x2) = 32.
Genetyka Kariotyp wynosi 2n = 30 oraz FN = 56.