Ekologia Czuboustek karłowaty zamieszkuje zróżnicowane siedliska, często o przyroście wtórnym w regionach sawannowych poniżej wysokości 500 m n.p.m., obszary wilgotne i siedliska nadbrzeżne, lasy liściaste, fragmenty lasów, skraje lasów w pobliżu obszarów rolniczych, bagienne lasy pierwotne i lasy pierwotne nad potokami. Czuboustek karłowaty prowadzi nocny tryb życia, a jego aktywność osiąga szczyt krótko po zmierzchu. Gniazduje w dużych, zamieszkanych nadrzewnych gniazdach termitów. W Peru grzędy miały długość około 60–70 cm szerokości, około 60–70 cm wysokości i około 28 cm głębokości, z wejściami o średnicy około 6 cm. W Kostaryce opisywano grzędę bez żadnych przedziałów lub komór bocznych, stanowiącą pojedynczą cylindryczną komorę o głębokości około 20 cm.
W Kostaryce, dorosłe samce i samice czuboustka karłowatego przesiadują razem, co sugeruje system godowy oparty na haremach. Nietoperze te budują i aktywnie utrzymują grzędy w czystości, aby zapobiec niepokojeniu ich przez termity. Udokumentowano, że czuboustki karłowate dzielą schronienie z żabojadkami brazylijskimi (Trachops cirrhosus).
Czuboustek karłowaty jest entomofagiem, chwytając owady odpoczywające na liściach. Preferuje duże stawonogi, takie jak chrząszcze i motyle, może też spożywać owoce. W Brazylii w treści żołądka został znaleziony pyłek kwiatowy.