Do siedemnastego roku życia był szkolony przez bankiera Giovanniego Tornabuoniego, po czym prowadził zamożny, beztroski styl życia, dopóki jego ojciec Giovanni nie odkrył spisku mającego na celu zabicie przywódców Florencji. Giovanni oskarżył Francesca de' Pazziego o spiskowanie, lecz gdy przedstawił dowody gonfalonowi Florencji, Uberto Albertiemu, ten okazał się spiskowcem i nakazał aresztowanie rodziny Auditore, obwiniając ją o udział w spisku. Ezio był poza domem, gdy jego ojciec i dwaj bracia zostali aresztowani, a następnie publicznie powieszeni, czemu Ezio był świadkiem. Postępując zgodnie z ostatnią radą ojca, Ezio znalazł strój i sprzęt asasyna, po czym uciekł z miasta z matką i siostrą do posiadłości wuja Mario w Monteriggioni. Mario pomógł bratankowi odnaleźć osoby stojące za spiskiem i wyszkolił go na asasyna.
Podczas zemsty na Pazzich Ezio odkrył, że w spisek wymierzony w jego ojca i braci były zaangażowane osoby także spoza Florencji. Poszukiwania odpowiedzialnych zajęły mu ponad dekadę i zaprowadziły go do San Gimignano, Forlì oraz ostatecznie do Wenecji. Identyfikując i eliminując templariuszy, Ezio zyskał wielu sojuszników, między innymi Niccolò Machiavellego, Caterinę Sforzę oraz Leonarda da Vinci.