W wieku XIV wzrost znaczenia signorii i kryzys instytucji miejskich podkopują pozycję Studium, choć pozostaje ono ciągle ważnym punktem na naukowej mapie Włoch – w latach czterdziestych tamtego stulecia Francesco Petrarca zapisuje tu swojego syna Giovanniego.
W 1346 Parma zostaje włączona do księstwa Mediolanu, a w 1387 książę Gian Galeazzo Visconti zamyka Studium parmeńskie, faworyzując Studium w Pawii. W 1409 Parma przechodzi w ręce rodu d'Este i staje się częścią księstwa Modeny i Reggio. W 1412 Mikołaj III d'Este otwiera ponownie uczelnię, ale już na prawach uniwersytetu. W tym okresie zostają opracowane na nowo statuty kolegium wykładowców i kolegium studenckiego. O renomie uniwersytetu świadczą słynni wykładowcy, wśród nich znany kanonista Niccolò Tedeschi. W 1421 Filippo Maria Visconti odzyskuje Parmę i rozpoczyna się kolejny okres upadku Ateneum.
Uniwersytet odradza się w 1545 wraz z przybyciem do miasta rodziny Farnese i powstaniem księstwa Parmy. Ranuccio I Farnese w 1602 uposaża uniwersytet, przyznaje przywileje wykładowcom i studentom oraz oddaje do użytku Kolegium Szlacheckie.