Na kolejny awans kibice reprezentacji musieli czekać aż dwanaście lat. Na Mistrzostwach Świata 2002 Kostarykańczycy nie powtórzyli sukcesu z 1990 roku i zakończyli udział w turnieju na fazie grupowej zajmując trzecie miejsce z czterema punktami na koncie po zwycięstwie 2:0 z Chinami, remisie z Turcją 1:1, oraz porażce 2:5 z Brazylią. W tym samym roku reprezentacja osiągnęła za to swój najlepszy wynik w rozgrywkach o Złoty Puchar CONCACAF. Doszła do finału, w którym przegrała ze Stanami Zjednoczonymi.
W japońsko-koreańskim Mundialu drużynę prowadził Alexandre Guimarães, Brazylijczyk naturalizowany w Kostaryce. Jako zawodnik grał w pamiętnych mistrzostwach w 1990 roku. Od wielu lat gwiazdą obecnej reprezentacji jest napastnik Paulo Wanchope, w przeszłości piłkarz m.in. Derby County, West Hamu United i Málagi.
Cztery lata później kostarykańscy piłkarze na mundialu 2006 zagrali w grupie A razem z gospodarzem mistrzostw Niemcami, Ekwadorem, oraz Polską. Po przegraniu wszystkich trzech spotkań (odpowiednio 2:4 z reprezentacją Niemiec w meczu otwarcia turnieju, 0:3 z Ekwadorem oraz 1:2 z Polską), z zerowym dorobkiem punktowym zajęli ostatnie miejsce w grupie i odpadli z turnieju.