Celem szczepienia jest wytworzenie odporności wobec określonego drobnoustroju. Szczepienia są niezbędne, ponieważ samo przestrzeganie higieny, sanitariaty, czysta woda i żywność, choć pełnią ważną rolę, są niewystarczającymi środkami do zapobiegnięcia chorób zakaźnych. Pomagają one zmniejszyć zapadalność i śmiertelność związaną z zakażeniami. Ocenia się, że szczepienia pozwalają co roku zapobiec 6 milionom zgonów. W Stanach Zjednoczonych stwierdzono 99% spadek zapadalności i śmiertelności związanej z kilkunastoma chorobami, które od wielu lat prowadzone są powszechne szczepienia. Spada ryzyko powikłań związanymi z chorobami infekcyjnymi, które nierzadko mają znacznie bardziej odległe i poważniejsze następstwa niż ostra choroba, tak jak zespół różyczki wrodzonej, marskość wątroby i rak wątrobowokomórkowy w następstwie HBV czy trwałe powikłania neurologiczne w konsekwencji świnki, odry czy Haemophilus influenzae. Zatem szczepienia, w porównaniu do naturalnego nabycia odporności poprzez przebycie zakażenia, umożliwiają nabycie odporności bez przebycia choroby i uniknięcie jej powikłań. Ponadto szczepienia są bezpieczniejsze niż leki konieczne do leczenia chorób zakaźnych.