Cerkiew „przyznała się” ponadto do współdziałania ze Związkiem Wyzwolenia Ukrainy, nigdy nieistniejącą ukraińską organizacją antyradziecką, która była w rzeczywistości mistyfikacją radzieckich służb specjalnychRobert Kuśnierz, Ukraina w latach kolektywizacji i Wielkiego Głodu (1929–1933), Toruń 2008, Wydawnictwo Naukowe Grado, , ss. 252–253.. Duchowni Kościoła mieli nadal służyć w parafiach, jednak w rzeczywistości krótko po zjeździe zaczęły się ich aresztowania. W grudniu 1930 r. z inspiracji władz odbył się zjazd duchowieństwa, który potępił działalność Cerkwi Autokefalicznej, a następnie ogłosił powstanie Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego. Zgadzając się na ten zjazd, władze radzieckie zamierzały dowieść na świecie, że w ZSRR panuje wolność religijna. Wasyl Łypkiwski pisał we wspomnieniach, że stało się to również dlatego, że po samolikwidacji Cerkwi Autokefalicznej jej parafie pozostały bez kontroli państwowej, a ich inwigilacja stała się trudniejsza. Ukraiński Kościół Prawosławny działał do 1936 r. W ciągu następnych dwóch lat, w czasie wielkiej czystki i nowej kampanii antyreligijnej w ZSRR, aresztowano większość byłych biskupów Cerkwi Autokefalicznej.