W tym samym czasie władze zamknęły na Ukrainie również niemal wszystkie parafie uznające zwierzchnictwo Patriarchatu Moskiewskiego, a biskupów Egzarchatu Ukraińskiego Patriarchatu Moskiewskiego spotkał podobny los, co hierarchów Cerkwi AutokefalicznejRobert Kuśnierz, Ukraina w latach kolektywizacji i Wielkiego Głodu (1929–1933), Toruń 2008, Wydawnictwo Naukowe Grado, , s. 254..

Wasyl Łypkiwski, który po odejściu z urzędu służył ponownie w cerkwi na Sołomiance, został zatrzymany 22 października 1937 r. Oskarżony o kierowanie „nacjonalistyczną faszystowską organizacją”, która miała na celu „oderwanie Ukrainy od ZSRR i stworzenie samodzielnego państwa typu faszystowskiego”, został 20 listopada skazany na śmierć i siedem dni później stracony. Miejsce jego pochówku nie jest znane. Symboliczny nagrobek duchownego znajduje się na Cmentarzu Łukianowskim w Kijowie.

W 1989 r. został całkowicie zrehabilitowany. W 1997 r. Ukraiński Autokefaliczny Kościół Prawosławny ogłosił go świętym.

Upamiętnienie W końcu lat 90. na budynku cerkwi Opieki Matki Bożej w Kijowie, z którą duchowny był związany przez kilkanaście lat, zawieszono tablicę jego pamięci.