Położenie stanu równowagi można kontrolować poprzez parametry zewnętrzne, takie jak: temperatura ciśnienie obecność templatu medium reakcyjne (rozpuszczalnik) światło potencjał elektryczny

Stężenie pożądanego produktu można również kontrolować poprzez efekty steryczne lub elektrostatyczne, wywołane przez grupy funkcyjne i heteroatomy występujące w związku, nadające mu odpowiednie właściwości i stabilizujące docelowy związek. Przesunięcie równowagi termodynamicznej można również osiągnąć, wprowadzając do reakcji dodatkową porcję substratu lub odbierając tworzący się produkt.

Wiązania chemiczne Można wyróżnić dwa główne mechanizmy tworzenia się wiązań chemicznych w DCK:

1) reakcje wymiany pomiędzy jednym reagentem a drugim, na skutek czego powstaje identyczne wiązanie jak wyjściowe (np. tworzenie się mostków disulfidowych)

2) tworzenie się nowych, dynamicznych wiązań poprzez kondensację (np. kondensacja imin) lub reakcje cykloaddycji (np.