Jej brat Gabdułła popierał równouprawnienie kobiet i mężczyzn, twierdząc, że Bóg uczynił wszystkich równymi, a obowiązkiem mężczyzn było zwrócić kobietom należne, równe z nimi miejsce w społeczeństwie.
W wieku osiemnastu lat Muchlisa została wydana za mąż za wiejskiego mułłę. Urodziła córkę Mundżiję, adoptowała również córkę zmarłej służącej. Małżeństwo okazało się nieudane – w 1897 r. Muchlisa za zgodą braci porzuciła męża i razem z córkami wróciła do rodzinnej wsi. Jej mąż odmówił jednak rozwodu i związek formalnie trwał aż do 1917 r.
Dyrektorka szkół żeńskich W 1895 r. Gabdułła otworzył w Iż-Bobja szkołę przy meczecie i zaczął prowadzić w niej zajęcia według autorskiego programu. Dwa lata później Gabdułła i Gobajdułła założyli szkołę dla dziewczynek i powierzyli swojej siostrze stanowisko jej kierowniczki. Muchlisa równocześnie poszerzała swoją wiedzę pod okiem braci, a następnie przekazywała zdobyte wiadomości uczennicom. Szkoła w Iż-Bobja była pierwszą żeńską szkołą, w której realizowano idee oświatowe dżadidów. Absolwentki otrzymywały dyplom uprawniający do pracy w charakterze nauczycielek. Do szkoły zgłaszały się muzułmanki z terenów dzisiejszego Tatarstanu i Powołża, ale także z Rosji centralnej (w tym z Moskwy), Syberii, z Taszkentu, Samarkandy, Biszkeku i Siemipałatyńska. W 1910 r.