na rzecz benedyktyńskiego opactwa w Fuldzie (948), klasztoru św. Maurycego w Magdeburgu, żeńskiego opactwa Gandersheim czy archidiecezji hamburskiej. W 948 ustanowił diecezjalną organizację kościelną w Danii i podporządkował ją metropolii hamburskiej, a w 953 przesłał paliusz arcybiskupowi Brunonowi z Kolonii.
Agapit II zaangażował się też w konflikt o obsadę archidiecezji Reims. W 925 ówczesny papież Jan X mianował na to stanowisko pięcioletniego wówczas Hugona, syna hrabiego Herberta II de Vermadois. Jednakże król Ludwik IV wprowadził tam swojego kandydata Artolda. Papież początkowo poparł Artolda, później zmienił zdanie na korzyść Hugona, wreszcie na synodzie rzymskim w 949 zatwierdził na stanowisku metropolity Artolda, a na Hugona rzucił klątwę.
Alberyk II krótko przed swoją śmiercią w 954 odebrał od rzymskiej szlachty i duchowieństwa przysięgę, że następnym papieżem zostanie jego nieślubny syn Oktawian. Choć było to sprzeczne z prawem kościelnym, źródła wskazują, że Agapit w żaden sposób nie protestował przeciwko tej faktycznej elekcji jego następcy jeszcze za jego życia, przeciwnie, przysięga ta została złożona w jego obecności i za jego zgodą.