Prymas Karnkowski został pochowany w Kaliszu w ufundowanym przez siebie kościele św. Wojciecha i św. Stanisława Biskupa, w 1798 jego doczesne szczątki przeniesiono do bazyliki kolegiackiej Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, gdzie spoczywają do dzisiaj.
Twórczość Ważniejsze utwory Napominania potrzebne i zbawienne, których wszyscy plebani... używać mają, Kraków 1569 (według G. Korbuta 1568), drukarnia M. Szarffenberger; wyd. następne: Kraków 1570, Kraków 1577 Oratio... in Comitis Varsaviensibus anno 1570 in senatu habita (brak miejsca i roku wydania) Modus et ordo electionis novi Regis, Kraków 1573, drukarnia M. Szarffenberger; inne wydania: wyd. S. Reszka przy: De rebus in elecyione... Henrici Regis Poloniae... gestis, Rzym 1574; przy M. Kromer Polonia sive de origine et rebus gestis Polonorum libri XXX, Kolonia 1589; pt. De modo et ordine electionis novi Regis – brak miejsca i roku wydania, (treść stanowi list S. Karnkowskiego, dat. w Inowrocławiu 21 września 1573 – do M. Kromera, dot. wyboru Henryka Walezego) Ad Henricum Valesium... panegyricus, Paryż 1574, drukarnia M. Morelli, (kilka edycji); przekł. francuski pt. Harengue publique... au Roy Henry de Valois, Paryż 1574, (kilka edycji) Ad... Principem Henricum... de tuenda unitate fidei oratio, Kraków 1574;