Mieszczanie chrześcijańscy mieli pretensję do Żydów o służbę szlachcie, byli zirytowani łamaniem przywileju antyżydowskiego, do tego dochodziła niechęć do obcych obyczajów. Konflikt ten doprowadził w 1790 roku do dwóch pogromów: 17 kwietnia i 16 maja.
+Żydzi w Warszawie pod zaborem pruskimRokLudność ogółemŻydziProcent populacji179666572860012,9180063572969315,21804/1805667611155117,3 Po rozbiorach utrzymywał się wśród chrześcijańskich mieszczan negatywny obraz Żydów, co budziło zażenowanie władz pruskich. Od czasu wprowadzenia administracji pruskiej systematycznie rósł odsetek ludności żydowskiej, od około 13% w roku 1796 do 17% w 1805. Jednocześnie dawna stolica Rzeczypospolitej przeżywała zapaść gospodarczą. Choć według urzędników działalność Żydów nie wpływała negatywnie na pozostałą część ludności, to w obliczu kryzysu konflikty społeczne przybierały na sile. Nie bez znaczenia była także polityka pruska wobec wyznawców judaizmu. O ile w Statucie Generalnym dla Żydów z 17 kwietnia 1797 roku zachowywano ograniczenia osadnictwa, to zostały one złagodzone w rozporządzeniu z 21 listopada 1799 roku. De non tolerandis Judaeis przestał obowiązywać 6 lutego 1802 roku, wraz z innymi przywilejami miejskimi i cechowymi.