Zawsze towarzyszący w licznych podróżach i wystąpieniach publicznych Zebrzydowskiego, m.in. na sejmach 1550 i 1552, pozostawał w tym czasie w gronie osób zbliżonych do dworu biskupiego, zwolenników tolerancji i reformacji, pisarzy i uczonych (Łukasz Górnicki, Piotr Myszkowski, Piotr Illicino, Franciszek Lismanin, Piotr Roizjusz). Jednocześnie utrzymywał kontakty m.in. ze Stanisławem Orzechowskim, Andrzejem Eforynem i Szymonem Marycjuszem z Pilzna, którzy byli zdecydowanymi przeciwnikami reformacji.
W latach 1546–1549 związany obowiązkami kancelaryjnymi u Zebrzydowskiego mało czasu mógł poświęcić własnej pracy literackiej i naukowej, natomiast swój talent literacki i sprawność pióra wykorzystywał jako redaktor pisanych w latach 1550-1553 na zlecenie swego mocodawcy listów. Autorstwa Nideckiego były też broszury: Oratio de heresi tollenda (1550), Krótka odpowiedź, List pasterski i Oratio postrema z 1556 r., które ukazały się pod nazwiskiem Zebrzydowskiego. Za te usługi Nidecki został wynagrodzony kanonią kruszwicką (1547), probostwem w Szczurowej (1551) i altarią św. Macieja w katedrze krakowskiej (przed r. 1553).