Poparciu Zebrzydowskiego zawdzięczał zapewne również swój wyjazd do Padwy, dokąd udał się na przełomie 1553/4 i gdzie, wraz z liczną grupą przebywających tutaj scholarów polskich, uczęszczał na wykłady filologa i znawcy starożytności Francesco Robortella. W Padwie zaprzyjaźnił się z przebywającym tu od 1552 r. Janem Kochanowskim co zostało upamiętnione w napisanych wtedy przez poetę po łacinie Foricoeniach, Elegiach i znanym anakreontyku Ad Andream Patricium. W połowie 1556 r., odwiedziwszy uprzednio Rzym, powrócił na dwór Zebrzydowskiego i rzucił się w wir pracy; wziął udział w obradach synodu łowickiego, opracował wydany 1 listopada 1556 r. list pasterski biskupa o modły za pomyślność państwa i Kościoła, zredagował wygłoszoną przez Zebrzydowskiego w imieniu episkopatu polskiego na sejmie warszawskim 5 stycznia 1557 mowę Pro sua et collegarum religione ac iurisdictione, która wzbudziła tyleż podziwu z powodu cyceroniańskiej łaciny, co krytyki za zbytnie ustępstwo wobec różnowierców. W ciągu tych kilku pracowitych miesięcy zdążył również przygotować do druku ogłoszony w r. 1556 Chiliastichon Piotra Rojzjusza, a następnie jesienią 1557 r. wyjechał na powrót do Padwy gdzie poświęcił się głównie pracy nad skompletowaniem i opracowaniem fragmentów spuścizny pisarskiej Markusa Tulliusa Cycerona.