Nidecki został do tej pracy zachęcony badaniami wybitnego włoskiego filologa Carolusa Sigoniusa, którego odwiedził w Wenecji, a nawet próbował ściągnąć na uniwersytet padewski. Na drugi pobyt padewski (1556-1559) przypadły również początki znajomości Nideckiego z Pawłem Manutiusem, do którego zbliżył się za pośrednictwem swego przyjaciela i współmieszkańca humanisty węgierskiego Andrzeja Dudycza. Początkowo objęły one wspólną obydwu uczonym dziedzinę studiów cyceroniańskich, z czasem przekształciły się w wymianę listów i poglądów. Nidecki był blisko zaprzyjaźniony z wieloma wybitnymi przedstawicielami polskiej kolonii studenckiej; w roku 1558 został wybrany nawet na konsyliarza (doradcę) Polaków studiujących na uniwersytecie. Pięcioletnie studia uwieńczył 22 marca 1559 uroczystą promocją na doktora obojga praw. W kilka tygodni później (19 maja) w towarzystwie Dudycza i sekretarza Zygmunta Augusta Stanisława Fogelwedera powrócił do kraju. Z Padwy przywiózł listy polecające do Zebrzydowskiego, ale skromne stanowisko na dworze, dożywającego ostatnich dni (zm. 22 maja 1560) biskupa krakowskiego, nie odpowiadało już zapewne jego aspiracjom, gdyż w lecie 1559 skorzystał z gościny Piotra Myszkowskiego, chroniąc się w okresie szalejącej w mieście zarazy w jego rezydencji w Bieżanowie. Tu w krótkim czasie (od połowy 1559 r.