Zilleta (1556 r.) nową edycję fragmentów Cycerona, ogłoszonych pod tym samym tytułem (Fragmentorum M. T. Ciceronic libri IV). Dzieło to w porównaniu z wydaniem z r. 1561 wzbogacone o 40 nowo odnalezionych fragmentów mów, listów, dzieł filozoficznych i utworów poetyckich Cycerona, szybko stało się prawdziwym wydarzeniem w dziejach filologii europejskiej, wywołując słowa uznania i podziwu najznakomitszych uczonych XVI w. (Sigonius, Manutius, Petrus Victorius, Denis Lambin). Uznaniu towarzyszyły liczne przedruki w europejskich oficynach: Lejda (1570, 1578), Frankfurt (1589), Lipsk (1593). Od dalszych studiów filologicznych odciągnęły Nideckiego wzrastające po objęciu podkanclerstwa przez Myszkowskiego (1563) obowiązki urzędowe w kancelarii królewskiej. Prowadził w niej od r. 1566 przy pomocy Stanisława Fogelwedera, głównie sprawy pruskie. Zaangażowanie w sprawy pruskie zbliżyło go do Stanisława Hozjusza, z którym to od r. 1564 utrzymywał regularną korespondencję, informując go o aktualnych wydarzeniach politycznych w kraju i nowinach dworskich. Hozjusz, wysoko oceniał talent i zdolności sekretarza królewskiego, będąc jednak nieprzejednanym przeciwnikiem innowierców, nie ukrywał zastrzeżeń co do stanowiska dworu w sprawach wyznaniowych.