Usiłował nawet odciągnąć Nideckiego od grona związanego z dworem i nakłonić do pracy na polu apologetyki.
Po wyjeździe w r. 1567 Myszkowskiego na stolicę biskupią do Płocka i opuszczeniu Krakowa przez Kochanowskiego Nidecki nosił się z myślą rezygnacji ze służby dworskiej. W końcu jednak namówiony przez podkanclerzego Franciszka Krasińskiego pozostał w kancelarii królewskiej, w której miał grono oddanych osób (Jan Zamoyski, Jan Dymitr Solikowski, Piotr Dunin Wolski i Stanisław Fogelweder). Od r. 1570 rezydował głównie w Warszawie, gdzie oprócz spraw pruskich przejął również opiekę nad sprawami włoskimi związanymi z sukcesją barską, a także kontaktami dyplomatycznymi z agentami polskimi w Rzymie, Neapolu i Madrycie.
Nidecki umiał zadbać o swoje interesy; mimo że obok otrzymanych w latach 1547-1553 od Zebrzydowskiego prebend i altarii posiadał odstąpione mu przez Myszkowskiego kustodię kielecką i archidiakonat śremski (1560), ponadto kanonię warszawską (1563), archidiakonat wileński (1565), kanonie sandomierską (1568) oraz pułtuską (ok. r. 1569), a także probostwo w Ostrowi (w diec. płockiej), wszystkie przynoszące spore przecież dochody, nie ustawał w prośbach o powiększenie pensji i nowe beneficja kościelne, m.in. dziekanię łęczycką, prepozyturę św.