Na szczególne znaczenie zasługuje zespół gotyckich nagrobków królewskich, wyróżniających się wartością artystyczną oraz zawartą w formie i dekoracji treścią polityczną i religijną.
W XVI wieku powstało również wiele nowych ołtarzy, nagrobków królewskich i biskupich oraz epitafiów. Renesansowy i manierystyczny wystrój katedry był w dużej mierze dziełem artystów włoskich osiadłych w Krakowie, takich jak Berrecci, Giovanni Maria Padovano, Jan Michałowicz z Urzędowa czy Santi Gucci. Ważną rolę odegrały także towary importowane z Norymbergi, obejmujące m.in. wyroby ludwisarskie (płyty nagrobne, kraty), złotnicze (elementy wyposażenia Kaplicy Zygmuntowskiej) oraz malarskie (kwatery ołtarza w Kaplicy Zygmuntowskiej), autorstwa takich twórców jak Peter i , Peter Flötner, czy Georg Pencz.thumb|wejście do katedry zrobione z czarnego wapienia dębnickiego