W 1947 roku został odznaczony Rokietą i Mantoletem, a 9 sierpnia 1947 roku otrzymał nominację na rektora Niższego Seminarium Duchownego na miejsce ks. Juliana Atamana oraz został wykładowcą pedagogiki i katechetyki w WSD. Był aktywny w centralnych instytucjach diecezji: Urzędu, potem Referatu Katechetycznego, był wizytatorem nauki religii, pracownikiem Sądu Diecezjalnego.
Zmarł 18 kwietnia 1971 roku. Pochowany w grobowcu Kapituły Przemyskiej. 10 listopada 1976 roku jego prochy ekshumowano i przewieziono do Tokarni. Spoczął w grobowcu kapłańskim obok ks. Jana Macha.
W 2016 roku rękopisy ks. Antoniego Gagatnickiego zostały opracowane i opublikowane w książce Zapomniane rękopisy, Barłomiej Dyrcz
Rękopisy Historia dworu i kaplicy w Tokarni. Majątek Dworski Łętownia Kościół Parafialny w Łętowni Majątek Dworski Skomielna Czarna Genealogie Łodzińskich h. Radwan, Targowskich h. Tarnawa, Gagatnickich h. Pniejnia, Gostkowskich h. Gozdawa Rękopisy – wspomnienia z różnych podróży m.in. do Ziemi Świętej spłonęły w pożarze.