Przedstawienie w polu sercowym herbu Habsburgów, wiąże ten cenny zabytek historyczny z postacią królowej – Katarzyną Habsburżanką.
W 1795 roku, po grabieży skarbca przez Prusaków, przechowywał ją Tadeusz Czacki, który uzyskał zgodę na zabranie przedmiotów porzuconych przez grabieżców. W 1818 roku, po śmierci Czackiego, została sprzedana rodzinie Czartoryskich, którzy przenieśli ją do Puław. Tam chorągiew pozostawała do roku 1831, kiedy wobec groźby zniszczenia pałacu w czasie powstania listopadowego, ukryto ją w kościele we Włostowicach. Stamtąd w roku 1848 zabrali ją Rosjanie i umieścili w zbiorach Ermitażu. Rewindykowana z Rosji na mocy postanowień traktatu ryskiego, powróciła na Wawel w 1928 roku. Wówczas przeszła konserwację, aby w latach 1930-39 stać się jednym z głównych eksponatów w Skarbcu Koronnym. Po wybuchu II wojny światowej nie została ewakuowana, lecz ukryte przed zniszczeniem przez Adolfa Szyszko-Bohusza i Karola Kurpielskiego z Elektrowni Miejskiej – początkowo na Wawelu, następnie w 1941 roku została oddana na przechowanie do Muzeum Narodowego.