W latach 1591–1594 Francesco Tiepolo przebudował kaplicę św. Saby, w której umieszczono relikwie świętego, przechowywane w kościele od X wieku. W 1620 roku, na zlecenie proboszcza Nicolò Zorziego przebudowano kaplicę główną, a w latach 1636–1662 – apsydy. Kolejną przebudowę kościoła rozpoczął proboszcz Nicolò Brunelli; w 1662 roku zostały ukończone trzy kaplice apsydowe, a w latach 1663–1672 przebudowano prawą stronę. W latach 1672–1679 proboszcz Domenico David realizował projekt przebudowy sporządzony przez Baldassare Longhenę. W 1674 roku zburzono średniowieczny kościół, a jego pozostałości włączono do nowego. W 1680 roku kościół został ponownie konsekrowany. W latach 1680–1685 przebudowano fasadę i przyległe budynki, a w latach 1736–1749 – dzwonnicę. W 1777 roku przywrócono prezbiterium i rozbudowano je według projektu Bernardino Maccaruzziego.